Q.【イベントでの質問】就活サイトでフリーメールを使っているのですが･･･。ペンネーム：あんころもちもちん

「就活サイトに登録するメールアドレスはフリーメール（yahooやexcite）ではいけないと聞きましたが本当ですか？（ちなみに私はフリーメールにしないほうがいいと友人に言われるがままに学校からもらったアドレスで就活をしています。が、夏休みインターンシップをやるときはフリーメールでした。すでにフリーメールで送ってしまったことのある企業がいくつかあり不安です･･･）ちなみにそのときのアドレスは・・・」が質問の前半です。後半は書くと、人物が特定できる可能性があるので削除しました。（　　）の中の方が長い質問も珍しいです。
さて、ご質問ですが、個人的にはあまり関係ないとはおもいます。フリーメールアドレスは印象が悪いとか、信頼性が、というお話を時折に耳にしますが、何千、何万ものエントリー学生のメアドを一々しらべる企業はかなり稀だと思います。フリーメールのメリット・デメリットを挙げるとすると下記の通りでしょう。
【メリット】
・Uターンなどで常に自分のパソコンでメールチェックが出来なくても、ネット環境があればチェックできる。
・無料
・そもそもパソコンがない。
・手軽。
【デメリット】
・メールのフィルター機能で弾かれる可能性がある。
・広告が入る場合がある。
などでしょうか。
パソコンに詳しいならば（ってほどでもないけど）、就職サイトは学校のアドレスなどを使い、フリーメールアドレスに転送するなど、方法はいくつかあると思いますし、すでに登録している場合もサイトへの登録情報更新でアドレスを変更することもできると思います。それほどご心配には及ばないと思います。